Přestože bylo natáčení Prokletí Černé perly mimořádně velkou záležitostí, gigantická produkce druhého a třetího dílu jej překonala na všech frontách. Samotné natáčení trvalo déle než rok, v jehož průběhu filmaři a herci neustále cestovali z jednoho místa na druhé.
Přípravy začaly v červnu 2004 a už tehdy filmaři věděli, že k realizaci scénářů Teda Elliotta a Terryho Rossia nebude stačit jeden ostrov, na němž vznikl první díl. „Už během prvních setkání s Jerrym, Gorem, Tedem a Terrym začínalo být jasné, do jak velké logistické operace se pouštíme,“ vzpomíná unit production manager Doug Merrifield, který pracoval na stejné pozici i při natáčení Prokletí Černé perly. „Věděli jsme, že tentokrát to nebude pouze St. Vincent, ale hned několik různých ostrovů. A že budeme potřebovat víc lodí. Začínalo být jasné, že to bude tak trochu road movie... jen s tím rozdílem, že našimi silnicemi budou nekonečné vodní hladiny mezi různými natáčecími lokacemi. Začátkem léta 2004 jsme začali znovu křižovat Karibik a hledat ostrovy, na kterých bychom mohli natáčet.“
Natáčení filmu nicméně začalo ve studiu a několika exteriérech v Los Angeles. První klapka padla 28. února 2005 a přestože byly úvodní scény (sklad rumu na Černé perle a vnitřní prostory vězení Port Royal) poměrně skromné, brzy se dostalo i na mnohem velkolepější výtvarné kreace, v nichž se odrazila nekonečná vizuální vynalézavost hlavního výtvarníka Ricka Heinrichse. Kromě spousty bohatě vyšperkovaných interiérů a exteriérů navrhnul celou flotilu nových lodí, mezi něž patřila nově navržená a přestavěná Černá perla, která byla plně uzpůsobena k plavbě na moři, detailní a hrůzyplná loď Davyho Jonese BLUDNÝ HOLANĎAN a elegantní britská obchodní loď z 18. století Edinburgh Trader. Heinrichs se svým týmem vytvořil obrovské množství různých prostředí a věcí - od masivních mokřin, vybudovaných ve studiu v Burbanku, až po malou, ale zajímavou truhlu mrtvého muže.
Heinrichsovi se na filmu líbilo, že i navzdory svému ukotvení v historii není svázán tím, že by se odehrával v nějakém konkrétním období. „Jedním z faktorů, podle nichž se rozhoduji, jestli přijmu nabídku k práci na nějakém projektu, je v případě historického filmu to, zdali dostanu možnost přinést do něj něco vlastního nebo budu nucen dodržet absolutní historickou věrnost. Představa práce na filmu, v němž se režisér snaží co nejpřesněji převyprávět historická fakta, mě totiž příliš neláká. Na Pirátech a práci s Gorem se mi nejvíce líbí to, že historie tvoří pouze určité dějové pozadí - dává nám představu o tom, kde a kdy se to všechno odehrává. Ale my máme možnost tyhle reálie vzít, kompletně je obrátit naruby a vytvořit z nich něco nového, což je velice vzrušující,“ říká výtvarník.
Středobodem výtvarné stránky filmu byly modely lodí. „Měli jsme špičkový tým. Někteří lidé, s nimiž jsme tentokrát spolupracovali, už dříve pracovali na filmech, ve kterých hrály lodě zásadní roli - například Master & Commander: Odvrácená strana světa. Hodně nám pomohly také vizuální efekty. Modely všech lodí byly převedeny do digitální podoby, což velmi zjednodušilo komunikaci mezi architektem a inženýry - ti nám vždycky řekli, jestli by taková loď byla stabilní a nepřevrhla se, jestli by vydržela takové rychlosti a všechny ty nepříznivé vlivy, kterým bývají lodě vystaveny. Náročné bylo dosáhnout určitého vzhledu a zároveň zajistit, aby byla loď opravdu použitelná. Musely být finančně dostupné, musely plavat na vodě a v neposlední řadě musely dobře vypadat,“ vysvětluje Heinrichs. Největším husarským kouskem byla výstavba obří lodi BLUDNÝ HOLANĎAN , která je dlouhá 51 metrů a váží 420 tun.
První vzdálenou lokaci, na kterou se produkce vydala, byl ostrov St. Vincent, který už všichni dobře znali z natáčení prvního filmu. Vzhledem k tomu, že tento ostrov není frekventovanou turistickou destinací, musela produkce počítat s mnoha logistickými omezeními - mezi jinými i s tím, že tamější letiště nedokáže pojmout větší letadlo než dvoumotorovou vnitrostátní linku. Stíhačka s produkcí proto musela přistát na nedalekém ostrově Santa Lucia, odkud se pak filmaři dvě hodiny plavili na St. Vincent.
Mezitím na místo putovalo obrovské množství techniky a materiálu. Při přepravě produkce využila letecké i vodní dopravy a celá operace byla tak rozsáhlá, že místy připomínala přípravy na válečné tažení. Z Los Angeles, Velké Británie a spousty dalších míst se na St. Vincent přemístilo přes 300 členů štábu, který poté ještě výrazně rozšířili místní obyvatelé, kteří byli do různých oddělení najati jako pomocné síly. Vzhledem k tomu, že na ostrově nejsou žádná velká letoviska, byli jen lidé ze štábu rozeseti ve 43 různých hotelech, hostincích a bytech v celé západní oblasti ostrova. Vzhledem k tomu, že při natáčení prvního dílu strávili na ostrově téměř 2 měsíce, bylo to pro mnohé z nich jako návrat domů.
Do Karibiku se pod vedením Boone Narr a Marka Hardena z firmy Animals for Hollywood vypravila také spousta filmových zvířat. Mimo jiné mezi ně patřily dvě malpy kapucínské, dva papoušci ara, tucet koz, tři prasata, dva bílí koně, dva tažní koně, tři tucty slepic, šest krav a čtrnáct havranů.
Dalším místem, které se ukázalo být vhodným pro účely natáčení, byl ostrov Dominica. Ten Verbinskiho okouzlil tak, že se rozhodl natočit většinu suchozemských scén právě na něm. „Vybrali jsme si Dominicu jako hlavní natáčecí místo, protože je krásná a téměř netknutá,“ říká Bruckheimer. „Má velice klikaté pobřeží, takže se tam nedostanou výletní lodě, což efektivně zabraňuje tomu, aby se ten ostrov stal přehnaně rozvinutým. Tentokrát diváci neuvidí ty samé krajiny, džungle a hory jako v ostatních filmech. Dominica je jedním z nejmalebnějších míst na celém světě, ale filmaři ji dosud neobjevili.“
Dominica ve filmu ztvárňuje dvě hlavní prostředí: komicky hrůzyplný domorodý ostrov a další ostrov Isla Cruces, které nemají žádnou reálnou předlohu. Spousta akčních sekvencí se odehrává právě na těchto místech, což znamenalo, že herce a kaskadéry čekaly různé krkolomné kousky uprostřed náročného prostředí a v intenzivním vedru.
Z Dominicy se produkce přesunula na Exumas, což je jeden z nejjižnějších bahamských ostrovů. Poté následovala krátká přestávka, během níž se herci vrátili domů, a na začátku srpna začala další část natáčení v Los Angeles. Po několika týdnech práce na spektakulární úvodně scéně třetího dílu herci v půlce září znovu nasedli do stíhačky a vydali se na čtvrtou a poslední natáčecí lokaci, kterou byl Grand Bahama Island.
Nároky, které Jerry Bruckheimer a Gore Verbinski tentokrát kladli na slavné trikové studio ILM, vyžadovaly, aby jeho špičkoví tvůrci zvedli laťku ještě o kousek výše než u prvního dílu - Truhla mrtvého muže vyžadovala třikrát více efektových záběrů než Prokletí Černé perly. „Gore má skvělý cit pro práci s vizuály a také chápe celou věc z technického hlediska,“ říká vedoucí vizuálních efektů John Knoll, který zastal stejnou pozici u prvního filmu a tentokrát si vzal na výpomoc kolegu z ILM Billa George. „Přichází s velmi silnými názory na to, jak chce jednotlivé věci dělat. Tenhle film není pouze recyklací toho předchozího. Gore a scénáristé přišli s mnoha skutečně skvělými a neotřelými nápady.“ Knoll a George se snažili dát Verbinskimu tvůrčí volnost - chtěli, aby se při natáčení nemusel zabývat přemýšlením o tom, jak budou později do scén přidány digitální efekty. „Mám velkou důvěru v náš tým a věděl jsem, že tyhle věci dokážeme udělat - a že ve chvíli, kdy budeme potřebovat přidat za živé herce digitální postavy, dokážeme to i bez modrého pozadí.“
