Natáčení filmu začalo 10. srpna 1964 na planině Grobničko polje u Rijeky, kde se ještě před dvěma týdny natáčel druhý díl Vinnetoua. Nyní zde architekt Vladimir Tadej vybudoval Baumannův ranč. Další velké dějiště se nacházelo na cestě k lyžařské oblasti Plataku, kde byla postavena vesnice Šošonů. Většina stanů a rekvizit byla použita z filmu Vinnetou - Rudý gentleman a pro potřeby natáčení byly jen mírně upraveny. Osamělou vesnici Šošonů střežil jeden hlídač z Jadran filmu. Jednou v noci ho překvapila dvojice divokých medvědů, kterým se naštěstí dokázal ubránit. Produkce okamžitě navýšila počet strážných a dala jim k dispozici i zbraně. O dva dny později se filmaři dozvěděli, že v té samé oblasti zaútočili medvědi i na lesníka, který bohužel svým zraněním podlehl.
Další nepříjemný zážitek s medvědy si filmaři odnesli z natáčení úvodní části filmu, v níž se Vinnetou, Baumann a jeho syn Martin vydávají na lov medvěda. Tentokrát si filmaři nenechali přivézt cirkusová zvířata z Německa, jako to učinili během natáčení snímku Vinnetou - Rudý gentleman, ale spokojili se s místním medvědem, kterého od mládí drželi v zajetí lidé z nedaleké vesnice. Najali také místního lovce, který vlastnil smečku ostrých pastýřských psů a byli ujištěni, že psi dají medvědovi na frak. Jenže po prvním vzájemném útoku ztratili psi svou bojovnou náladu a drželi se od medvěda v uctivé vzdálenosti. Druhý den přivedl myslivec jiné psy a opět sliboval filmařům, že z medvěda nic nezůstane. Ale ani nová dvojice se nechtěla pouštět do krvavé šarvátky - jakmile psi utržili od medvěda první větší šrámy, stáhli se opět do ústraní. Medvěd se očividně nudil. Rozmrzelý lovec ho chtěl trochu popíchnout a hodil po něm kamenem. Zvíře se okamžitě rozeběhlo proti lovci a ten ho v posledním možném okamžiku zastřelil. Filmaři se museli spokojit jen s velmi krátkými a neúplnými záběry.
Jednou z dalších lokalit, kde se natáčel snímek Mezi Supy, je okolí známého letoviska Starigrad-Paklenica. V místech bývalého El Dora z Pokladu na Stříbrném jezeře byla postavena zchátralá zlatokopecká osada se saloonem. Ze skály, z níž bandité přepadli v Pokladu na Stříbrném jezeředostavník, pozoroval Vinnetou bandu Supů. Významnou roli hraje ve filmu horský průsmyk Mali Alan, kde byl postaven noční tábor Supů, očekávajících Wellerovu zprávu o zahájení útoku na osadníky. Odehrával se tady i závěrečný souboj mezi Old Surehandem, Martinem a Wellerem. Poté, co se štáb přesunul do pobřežního letoviska Splitu, vydali se pracovníci Jadran filmu hledat nové lokality. V okolí jezera Peručko, u osady Vrlika, objevili liduprázdnou kamenitou planinu, která byla jako stvořená pro natáčení závěrečného boje osadníků s bandou Supů. Fascinující obraz nerušily domy ani sloupy elektrického vedení, jen osamělý pastýř tu hlídal stádo ovcí. Asi o kilometr dál, ve vyschlé části jezera, se nacházela pouštní krajina se žluto-bílým pískem, která filmařům posloužila pro natáčení scény, v níž se Martin a Annie přidávají k přistěhovalcům.
Ve Vrlice se štáb potýkal s bórou, silným nárazovým větrem z hor, který už zapříčinil škody u obou předchozích dílů Vinnetoua. Tentokrát byl zcela zničen obytný přívěs, v němž herci odpočívali ve chvílích volna. Nikomu se naštěstí nic nestalo - Elke Sommer, která v něm pobývala jako poslední, opustila přívěs krátce před ničivým úderem.
zbytečné vraždění zvířat je fakt ubohost
Souhlas.
Jako, ze je lepsi se nechat roztrhat, jo? Uz vas vidim...
Neměli medvěda úmyslně dráždit.