Natáčení filmu začalo v pondělí 31. srpna 1964 v západním křídle berlínského zámku Charlottenburg, který se proměnil ve vilu hraběte Fernanda. Jako první se natáčela scéna, v níž doktor Sternau a sluha Alimpo pomáhají zraněnému hraběti vystoupit z kočáru a odvádějí ho do pokoje. V ateliérech produkční společnosti CCC Film byla zřízena pracovna prezidenta Lincolna a také Arbellezova hacienda, kde se natáčela potyčka mezi Sternauem a Verdojou. V rizikových scénách zastupovali Lexe Barkera a Rika Battagliu kaskadéři Giancarlo Bastianoni a Frank Hayden. Po dvou týdnech strávených ve studiu odletěl tým filmařů (a spolu s ním i 189 krabic plných nejrůznějších přístrojů, kostýmů a líčidel) do Dubrovníku, kde se ubytoval v komfortním hotelu Argentina, ležícím přímo u břehů Jaderského moře.
Od 14. září 1964 se nedaleko vesničky Vrbanje, vzdálené asi 70 kilometrů od Dubrovníku, natáčelo přepadení kočáru Verdojovými vojáky. Místo natáčení leželo v horách a bylo velmi špatně přístupné. Posledních 13 kilometrů byla silnice průjezdná pouze v jednom směru, proto museli Jugoslávci každé ráno průsmyk uzavřít, aby nedošlo k zablokování cesty. Nepříjemné vzpomínky na natáčení u Vrbanje si odnesl kaskadér Giancarlo Bastianoni, který utrpěl četné odřeniny při nechtěném zřícení kočáru do dvoumetrové propasti. V údolí Zupci stálo ještě westernové město Golden Hill z filmu Old Shatterhand, které společnost Avala pronajímala také ostatním producentům pro natáčení westernů. Štábu z Pokladu Aztéků posloužilo především jako skladiště zásob, kostýmů a rekvizit, ba dokonce i jako maskérna. Nedaleko Golden Hillu postavil architekt Otto Pischinger nádhernou haciendu, která však byla značně poškozena bouří, jež se oblastí přehnala 21. září 1964.